墊付工程款糾紛處理方法如下：
(一)、違法分包、非法轉(zhuǎn)包掛靠等造成合同無(wú)效時(shí)，工程價(jià)款的處理辦法;
1、如果建筑工程質(zhì)量合格，可以參照合同約定的結(jié)算工程價(jià)款進(jìn)行結(jié)算 。
2、如果建筑工程經(jīng)竣工驗(yàn)收不合格 ， 分兩種情況處理：
(1)可以修復(fù)的，修復(fù)后經(jīng)竣工驗(yàn)收合格，應(yīng)由承包方承擔(dān)修復(fù)費(fèi)用;
(2)修復(fù)后不合格的 ， 將不支付承包人的工程價(jià)款 。
3、如果發(fā)包人對(duì)建筑工程有過(guò)錯(cuò) ， 也應(yīng)承擔(dān)相應(yīng)責(zé)任，如：提供設(shè)計(jì)不合理，提供或指定購(gòu)買的材料不符合強(qiáng)制標(biāo)準(zhǔn)，直接指定分包人分包專業(yè)工程等 。
(二)、承包人非法轉(zhuǎn)包、違法分包或沒(méi)有資質(zhì)的實(shí)際施工人借用資質(zhì)簽訂的合同無(wú)效 。
《施工合同糾紛解釋》第六條：當(dāng)事人對(duì)墊資和墊資利息有約定，承包人請(qǐng)求按照約定返還墊資及其利息的 ， 應(yīng)予支持 ， 但是約定的利息計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)高于中國(guó)人民銀行發(fā)布的同期同類貸款利率的部分除外 。
【墊付工程款糾紛如何處理】國(guó)務(wù)院國(guó)發(fā)辦78號(hào)文件要求墊資工程必須在招投標(biāo)文件中明確墊資金額、期限、利息支付等內(nèi)容，否則不能要求承包方墊資 。

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